Comitetul executiv al Fondului Provocările Mileniului Moldova este un organ colegial, abilitat să adopte decizii pe marginea unui număr limitat de subiecte, cum sunt:

• aprobarea planului financiar detaliat şi altor documente de implementare, precum şi a modificărilor şi completărilor;
• examinarea şi aprobarea dărilor de seamă periodice privind derularea implementării proiectelor şi utilizarea fondurilor destinate proiectelor;
• aprobarea regulamentelor interne şi a manualelor operaţionale ale Instituţiei etc.

Membrii Comitetului executiv sunt reprezentați de vicepreşedintele Consiliului de observatori (în calitate de preşedinte al Comitetului executiv), un reprezentant al societăţii civile sau sectorului privat din Consiliul de observatori, şi directorul executiv al Instituţiei.